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区别有三。1、价格不同，农村医保每年几百块钱，职工医保一般一年在几千块左右。2、保险期限不同，农村医保是一年交一次，保险期限就一年，而职工医保累计交满25年就可以终身享受医保待遇；3、报销比例不同，农村医保一般报销75%左右，年上限20万左右，职工医保报销95%，年上限30万。
针对的人群不同，覆盖的范围也是不一样的，社保覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民。筹资水平不同,报销比例也有区别。系统管理不同:新农合是卫生局的业务,而城镇医保属于社保系统管。
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